동학의 1대교주 수운이 혹세무민죄로 처형당하고, 2대교주 해월은 관의 추적을 받으면서도 동학을 널리 알리기에 여념없다. 민중생활은 더욱 궁핍해지고, 민중의 지지를 받던 동학이 계속 탄압 당하자, 해월은 혼자 태백산으로 숨고, 부인 손씨와 네 딸들은 전국에 조리돌림을 당하는 수모를 겪는다. 이 소식을 들은 해월은 부인이 죽었으리라 생각한다. 더 깊은 산중에 숨은 해월은 그를 돌보던 노인의 과부며느리 안동김씨와 결혼한다. 강시헌 선생과 재회한 해월은 다시 도주해서 동학의 경전을 출판한다. 그리고 죽은 줄 알았던 손씨부인과 재회하지만, 기쁨보다는 안동김씨를 생각하며 고민한다. 정부의 삼정문란은 날이 갈수록 심화되어, 민중들의 분노는 동학난으로 이어진다. 그리고 1898년 수많은 군중이 지켜보는 가운데 해월은 참형을 당한다.