지하실을 파다가 우연히 발견된 한 무덤. 고고학자 샤론 박사는 그 무덤을 조사하던 중, 점토벽으로 숨겨진 시체 한 구를 발굴한다.
십자가에 매달린 시체는 그 무덤 안에 있는 유물들과 함께 예수님 부활의 가능성을 부정하고... 이 소식을 들은 추기경은 과거에 군수사관이었던 구티에레즈 신부에게 그의 정보 지식과 경험을 살려 무덤의 진실을 규명하라 명한다.샤론 박사와 구티에레즈 신부는 무덤 안의 단지를 연구소에 단지의 연대추정을 부탁한다. 또한 예루살렘 민중전선의 우두머리 요셉 아부는 미끼로 삼아 팔레스타인을 밀어내려는 총리를 저지하기 위해 박사와 신부를 감시한다.
한편 뼈의 연대를 추정하기 위해 전문 박사가 방문한다. 박사는 뼈를 살펴보며 과학적인 사실을 하나 둘씩 얘기한다.그 사실들은 모두 예수님의 무덤을 묘사한 성경과 일치하는데..