지구 온난화 현상이 심해지자 빙하가 녹기 시작한다. 매니, 디에고, 시드는 해빙기의 대홍수를 피해 다른 동물들과 함께 이동을 하고 그 과정에서 맘모스들이 거의 멸종했음을 전해 듣는다. 피난 도중 맘모스 엘리를 만난 매니 일행은 반가움을 금치 못한다. 그러나 이럴수가! 어릴 적 부모를 잃고 주머니쥐와 함께 자란 맘모스 엘리는 자신이 주머니쥐라고 믿고 있는 것이다! 매니는 멸종 위기의 맘모스 종족을 살리기 위해 엘리와의 종족보존 프로젝트를 시도하지만 오히려 엘리의 반감을 사게 되는데...