불의 나라, 나뭇잎 마을 닌자 학교 사상 최고의 말썽꾸러기 나루토와 카카시, 사쿠라, 록리. 나뭇잎 마을 최고의 닌자가 되는 것이 꿈인 좌충우돌 나루토 군단의 이번 임무는 초승달 섬의 미치루 왕자를 지키는 것. 부자나라 초승달 섬의 미치루 왕자는 지금 아들 히카루와 함께 세계 곳곳을 여행 중이다.
세상 물정 모르고, 갖고 싶은 것은 뭐든지 사버리는 미치루 왕자와 매사가 제멋대로인 히카루는 첫 만남부터 나루토 일행을 당황시키더니 원숭이, 검치 호랑이 등 희귀한 동물로 가득한 서커스단 마저 통째로 사들여버려 나루토 4인방은 매일매일이 고난의 연속이다.
미치루 왕자와 히카루를 상대하는 것만으로도 모자라 서커스단의 동물들마저 돌봐야 하는 나루토 일행은 온갖 소동을 겪으면서도 무사히 섬으로 돌아오는데 성공했지만, 그 사이 일어난 쿠테타로 국왕이 공격을 받은 초승달 섬의 분위기는 심상치 않다.
그리고, 무서운 둔갑술을 지닌 정체불명의 닌자 3인조가 나루토 일행을 습격해 오는데… 과연, 나루토 군단은 미치루 왕자와 초승달 섬을 무사히 지켜낼 수 있을까?