거대한 토네이도..미국을 멸망시키다!! 이제 인류는 멸망되기만을 기다려야 하는가... "아마게돈"의 위협, "애프터 투모로우"의 절망! 지금 인류 사상 최대의 위기가 닥친다!! 워싱턴주 시애틀... 미국 서해안을 대표하는 국제 항구도시에 갑자기 나타난 거대한 폭풍..이것은 대자연의 복수인가 신의 분노인가...
기상학자 에이프릴은 어릴적에 토네이도에 부모를 잃은 과거가 있다. 그 일을 계기로 보안관이 된 남동생 숀과 의절한 상태로 지낸다. 그러나 10년만에 재회할 기회가 주어져 에일프릴은 딸 다나를 데리고 숀이 사는 시애틀로 향한다. 두 가족이 만나 잠시 행복한 시간을 보내지만 예상치 않게 시애틀에 천둥을 동반한 비와 태풍이 급습하면서 상승기류에 소용돌이가 생겨 거대한 토네이도로 발전, 마을을 집어 삼키기 시작한다. 원인을 찾기 위해 조사하러 간 에이프릴과 숀은 곳곳에 토네이도가 할퀴고 간 현장을 본다. 이런 와중에 딸 다나가 행방불명되고...그들의 운명은..? 그리고 거대한 토네이도를 극복 할 수 있을까?