영화 <고인돌>은 기원전 2333년 한반도 최초 부족국가 고조선 설립 직전의 이야기다. 고인돌 문화가 융성한 시대, 태양부족과 달 부족이 지석강을 경계로 적대관계에 놓여 있다. 태양부족장 딸 사스미와 달 부족장 아들 바우쩍은 사냥터에서 만나 운명적인 사랑에 빠진다. 그러나 그들의 사랑은 부족 간 전쟁으로 비화되고... 바우쩍은 사스미를 지키기 위해 달 부족장이 쏜 화살을 대신 맞고 죽는다. 아비가 아들을 죽인 상황이 된 것이다. 그리고 현재 고대인 바우쩍과 사스미는 성이 다른 남녀로 태어나 고고학 박사와 여고생의 신분으로 다시 만나는데...